Der Comté ist das Ergebnis einer engen Zusammenarbeit von Milchbauern, Käsemeistern und Reifekellermeistern. Für den Käse wird ausschließlich die Milch von Kühen der Rasse Montbéliard verwendet, die in ihrem ursprünglichen Zuchtgebiet, den Hochebenen der Franche-Comté, bereits seit über 100 Jahren bekannt sind. Sie stehen im Sommer auf den saftigen Weiden in der atemberaubend schönen Landschaft des französischen Juras. Silofutter und Zusätze sind zur Fütterung verboten. Die gehaltvolle Milch, die sie geben, ist entscheidend für die hohe Qualität des Comtés. Um einen Laib mit rund 45 Kilo herzustellen, benötigt der Käsemeister 450 bis 500 Liter Rohmilch, die zunächst langsam in Kupferwannen, den sogenannten „chaudières“, erwärmt wird. Hierbei trennen sich Molke und Quarkmasse. Es folgen weitere Schritte, bis der Käsebruch in eine Form gegossen, 24 Stunden lang gepresst und in regelmäßigen Abständen gewendet wird. Nach der Zwischenlagerung in den Wärme- bzw. Vorreifungskellern, werden die Käselaibe in großen, kühlen Reifekellern der Region über Monate hinweg gelagert, dabei regelmäßig gewendet und mit Salz eingerieben. Nur die besten erhalten die grüne Banderole.